Управление ВПК «Мужество» осуществляется в соответствии с действующим законодательством РФ и настоящим Уставом. Управление ВПК «Мужество» строится на принципах единоначалия и самоуправления. Непосредственное руководство ВПК «Мужество» осуществляет директор. В ВПК «Мужество» сформированы коллегиальные органы управления: общее собрание трудового коллектива, педагогический совет. Порядок формирования, срок полномочий и компетенция органов управления ВПК «Мужество», порядок принятия им решений устанавливается уставом ВПК «Мужество». ВПК «Мужество» не имеет структурных подразделений.